ABiMS : Plateforme de bioinformatique
| Description | |
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| Type d'entité | Plate-forme |
| Activité générale | ABiMS propose des analyses et des développements aux équipes de recherche dans le cadre de collaboration scientifique sous forme de projets. Son offre de service est répartie en cinq activités : - e-infrastructure : cluster de calcul, Galaxy, JBrowse/Apollo, RStudio, banques, stockage and logiciels scientifiques - Bio-analyse : analyse de données -omics' (RNAseq, assemblage, metagénomique, metabarcoding, etc.) - Ingénierie logicielle : création de sites web, logiciels et de base de données - Formation : RNASeq, phylogénie, Linux, R, Python - Support : pour l'utilisation des ressources de calcul (logiciel, données, etc.) La plateforme ABiMS appartient aux infrastructures nationales : Institut Français de Bioinformatique (IFB) et ODATIS. Plateforme Biogenouest. |
| Mots-clefs | bioinformatique, HPC, stockage, analyses de données, ingénierie logiciel, base de données |
| Labels | Biogenouest Infrastructure de Recherche (I.R.) du MESRI EMBRC-France EMBRC-ERIC Elixir ODATIS Institut Français de Bioinformatique |
| Site internet Plug in labs Ouest | |
| Entités rattachées | |
| Bases de données | |
| Calculateur haute performance | |
| Logiciels | |
Services
Accès à l'infrastructure de calcul dans le domaine des sciences du vivant
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Analyses bioinformatique
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E-infrastructure dans le domaine des sciences du vivant
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Formations
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Ingéniérie logiciel dans les domaines des sciences du vivant et de l'océanographie
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Localisation et contact
| CORRE Erwan | Envoyer un email |
| Adresse | Place Georges Teissier |
| Complément d'adresse | Station Biologique de Roscoff - CS 90075 |
| Code postal | 29688 |
| Commune | ROSCOFF |
Services
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Accès à l'infrastructure de calcul dans le domaine des sciences du vivant
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Analyses bioinformatique
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E-infrastructure dans le domaine des sciences du vivant
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Formations
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Ingéniérie logiciel dans les domaines des sciences du vivant et de l'océanographie
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Description
| Certification, normalisation, calibration | ISO 9001:2015 |
| Catégories | Logiciels Numérique Accès aux données in situ et modélisation Calcul scientifique |
| Autre(s) catégorie(s) | |
| Disciplines scientifiques | Biologie marine Microbiologie Modélisation numérique Ecologie marine Génomique / Génétique Bioinformatique |
| Domaines d'action stratégiques |  Ressources énergétiques et minières marinesEnvironnement et valorisation du littoral |
| Exemples de travaux | Elixir : traitement et organisation des données de bio-informatique au niveau européen. EMODNet Biology Associated Data Partner. Idealg, Oceanomics. Projets ANR : Cinnamon, Impekab, Hapar, ? |
| URL travaux | http://abims.sb-roscoff.fr/projects |
Propriété de / opéré par
Imprimer
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Site internet
Station Biologique Roscoff La Station Biologique de Roscoff est un centre de recherche et d'enseignement en biologie et écologie marines . Elle dépend du Cnrs et de Sorbonne Université |
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Site internet
Sorbonne Université Sorbonne Université est une université pluridisciplinaire, de recherche intensive et de rang mondial. Ancrée au c?ur de Paris, présente en région, elle est engagée pour la réussite de ses étudiants et s'attache à répondre aux enjeux scientifiques du 21e siècle. |
