ABiMS : Plateforme de bioinformatique
Activité générale
ABiMS propose des analyses et des développements aux équipes de recherche dans le cadre de collaborations scientifiques sous forme de projets. Son offre de service est répartie en six activités :
Infrastructure électronique : cluster de calcul et espaces de stockage, Galaxy, JBrowse/Apollo, Open OnDemand, Jupyter, R, et outils bioinformatiques
Bio-analyse : analyse de données ‘-omics’ (RNAseq, assemblage, metagénomique, metabarcoding, etc.)
Ingénierie logicielle : appliance web, logiciels, création de base de données
Gestion de données : soutien aux communautés scientifiques tout au long des étapes successives du cycle de vie des données de recherche : FAIRisation , dépôt & référencement, Plans de Gestion de Données
Formation aux méthodes et logiciels de bioinformatique
Support : pour l’utilisation des ressources de calcul (logiciel, données, etc.)
La plateforme ABiMS contribue à deux infrastructures nationales : l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) et DATA TERRA au travers du pôle ODATIS.
Plateforme Biogenouest.
Infrastructure électronique : cluster de calcul et espaces de stockage, Galaxy, JBrowse/Apollo, Open OnDemand, Jupyter, R, et outils bioinformatiques
Bio-analyse : analyse de données ‘-omics’ (RNAseq, assemblage, metagénomique, metabarcoding, etc.)
Ingénierie logicielle : appliance web, logiciels, création de base de données
Gestion de données : soutien aux communautés scientifiques tout au long des étapes successives du cycle de vie des données de recherche : FAIRisation , dépôt & référencement, Plans de Gestion de Données
Formation aux méthodes et logiciels de bioinformatique
Support : pour l’utilisation des ressources de calcul (logiciel, données, etc.)
La plateforme ABiMS contribue à deux infrastructures nationales : l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) et DATA TERRA au travers du pôle ODATIS.
Plateforme Biogenouest.
Description
Certification, normalisation, calibration
ISO 9001:2015
Catégories
Logiciels
Numérique
Accès aux données in situ et modélisation
Calcul scientifique
Numérique
Accès aux données in situ et modélisation
Calcul scientifique
Autre(s) catégorie(s)
Disciplines scientifiques
Biologie marine
Microbiologie
Modélisation numérique
Ecologie marine
Génomique / Génétique
Bioinformatique
Microbiologie
Modélisation numérique
Ecologie marine
Génomique / Génétique
Bioinformatique
Domaines d'action stratégiques
Ressources énergétiques et minières marines
Environnement et valorisation du littoral
Environnement et valorisation du littoral
Exemples de travaux
Elixir : traitement et organisation des données de bio-informatique au niveau européen. EMODNet Biology Associated Data Partner. Idealg, Oceanomics. Projets ANR : Cinnamon, Impekab, Hapar, ?
URL travaux
Type d'entité
Plate-forme
Mots-clefs
bioinformatique, HPC, stockage, analyses de données, ingénierie logiciel, base de données
Site internet
Entités rattachées
Date de modification: 02/02/2026 11:32:58
Accès à l'infrastructure de calcul dans le domaine des sciences du vivant
Publics concernés
Entreprises
Partenaires de recherche
Autres chercheurs
Partenaires de recherche
Autres chercheurs
Modalités d'accès
Collaboration de recherche
Environné
Environné
URL modalités d'accès
http://abims.sb-roscoff.fr/account
Description
Accès à l'infrastructure de calcul, cluster de serveurs HPC de 32 Go et 2 To de RAM. Stockage sécurisé: 1.7 Po
Analyses bioinformatique
Publics concernés
Partenaires de recherche
Modalités d'accès
Collaboration de recherche
URL modalités d'accès
http://abims.sb-roscoff.fr/projects/request
Description
E-infrastructure dans le domaine des sciences du vivant
Publics concernés
Partenaires de recherche
Modalités d'accès
Collaboration de recherche
URL modalités d'accès
http://abims.sb-roscoff.fr/projects/request
Description
Formations
Publics concernés
Partenaires de recherche
Modalités d'accès
Collaboration de recherche
URL modalités d'accès
http://abims.sb-roscoff.fr/training
Mobile ?
oui
non
Ingéniérie logiciel dans les domaines des sciences du vivant et de l'océanographie
Publics concernés
Partenaires de recherche
Modalités d'accès
Collaboration de recherche
URL modalités d'accès
http://abims.sb-roscoff.fr/projects/request
Mobile ?
oui
non
Description
Le développement logiciel a pour objectif de procurer aux équipes de recherche et à la communauté d'utilisateurs des bases de données et outils adaptés à leurs besoins
La Station Biologique de Roscoff est un centre de recherche et d'enseignement en biologie et écologie marines . Elle dépend du Cnrs et de Sorbonne Université
Sorbonne Université est une université pluridisciplinaire, de recherche intensive et de rang mondial. Ancrée au c?ur de Paris, présente en région, elle est engagée pour la réussite de ses étudiants et s'attache à répondre aux enjeux scientifiques du 21e siècle.
CORRE Erwan
Adresse
Place Georges Teissier
Complément d'adresse
Station Biologique de Roscoff - CS 90075
Code postal
29688
Commune
ROSCOFF
